カウルを外すことでカジュアルに乗れるネイキッドを求める層が多かった！
1984年、ヤマハはXJ400を水冷化したXJ400ZSの人気がないとみるや、思い切ってF3レース出場していたワークスマシンに倣ってカウルを装着したFZ400Rをリリース、敢えてハーフカウルでカジュアルさを前面に出したことで大ヒットとなった。
しかし人気沸騰しても、そもそもカウルつきマシンに乗るのはちょっと……という層の存在を当の開発グループが意識していて、カウルを取り外すことでハンドリングの良さで定評のFZ400Rと同じ乗り味を楽しんでもらおうと企画、１年後の1985年3月にネイキッドを表すNを車名にしたFZ400Zの発売へと漕ぎ着けた。
レプリカブームを牽引していたFZ400Rは、カラーリングもF3ワークスマシンと同じイメージで、バリエーションもなく１種類のみを発売。
対してFZ400Nは、グラフィックもカジュアルでレーシングマシンをそこまで感じさせないシンプルな赤とブルーの鮮やかなカラーリングとしていた。
エンジンは54mm×43.6mmの399ccで、59PS/12,000rpmと3.7kgm/10,000rpmのFZ400Rそのまま。
4連の吸気通路をバイパスさせ高出力と省燃費を両立したY.I.C.S（ヤマハ・インダクション・コントロール・システム）た、反転式の消音構造でレーシーなサウンドを演出する４into１集合マフラーも踏襲している。
角断面のスチールパイプによるダブルクレードル（アンダーループはボルトで脱着式）に、リンクを介したバネレートが2次曲線的にプログレッシブ・レートとなるリヤのモノサス、フロントフォークの圧縮するに従い減衰が高まるバリアブルダンパーの装備も変更ない。
ただライディングポジションはハンドル位置を20mm高く設定、前傾度合いを少なくして街中などで扱いやすさを意識している。
またスクエアな形状としたヘッドライトや、メーターパネルをネイキッドでもフロントフォークに装着せず、フレームマウントとしてステアリングに慣性モーメントを増やさない、街角の小さなターンも軽々にこなすハンドリングにまとめていた。
FZ400Rは1年経ってもトップセラーが続く大人気をキープしていたが、このネイキッド版FZ400Nのほうは期待したほど注目は集まらなかった。
しかもレプリカとしてさらにピュアなアルミフレームのFZR400Rがデビューしても、何とスチール角断面のFZ400R人気が上回り、モデルチェンジによる交替とならずフルカウルバージョンも加わるラインナップ拡充にまで人気が継続する異様な事態となっていた。
このFZ400R独り勝ち状態もあって、ネイキッド版FZ400Nはマイナーチェンジをうけることなく終わってしまったが、カジュアルなルックスを含め後々中古車市場では人気の希少車となっている。
